Molecular analysis of the 16S rRNA Gene for the identification of Shigella sp. in freshwater snail (Faunus ater)
DOI:
https://doi.org/10.51179/jipsbp.v7i1.3328Kata Kunci:
Shigella sp., 16S rRNA gene, Faunus ater, molecularAbstrak
Siput air tawar (Faunus ater) hidup di perairan dangkal berlumpur dan berpasir serta memperoleh makanan melalui mekanisme filter feeder. Kondisi tersebut menyebabkan siput air tawar memiliki berbagai macam cemaran dalam tubuhnya, seperti logam berat dan bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keberadaan Shigella sp. pada Faunus ater menggunakan analisis gen 16S rRNA. Metode penelitian dilakukan secara observasi dan eksplorasi laboratorium menggunakan metode Carter dimodifikasi dan analisis gen 16S rRNA. Hasil penelitian menunjukkan secara metode Carter adanya pertumbuhan bakteri berupa kekeruhan pada media Brain Heart Infusion Broth (BHIB), terdapat koloni berwarna bening dan berbentuk bulat pada media Salmonella Shigella agar (SSA), secara pewarnaan Gram menunjukkan bakteri Gram negatif berbentuk batang pendek. Hasil pengamatan secara analisis gen 16S rRNA menunjukkan hasil isolat memiliki kemiripan sebesar 98,35% dengan bakteri Shigella flexneri strain FDAARGOS_692. Dapat disimpulkan bahwa hasil analisis molekuler Gen 16S rRNA terhadap isolat bakteri dari siput air tawar menunjukkan bakteri dari genus Shigella yang memiliki kemiripan dengan bakteri Shigella flexneri strain FDAARGOS_692.
Unduhan
Biografi Penulis
Masda Admi
Laboratorium Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Syiah Kuala. Kopelma Darussalam, Kota Banda Aceh, Aceh, Indonesia
Veronika Puja Koswari
Program Studi Pendidikan Dokter Hewan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Syiah Kuala. Kopelma Darussalam, Kota Banda Aceh, Aceh, Indonesia
Winaruddin Winaruddin
Laboratorium Parasitologi, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Syiah Kuala. Kopelma Darussalam, Kota Banda Aceh, Aceh, Indonesia
Wahyu Eka Sari
Laboratorium Kesmavet, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Syiah Kuala. Kopelma Darussalam, Kota Banda Aceh, Aceh, Indonesia
Teuku Zahrial Helmi
Laboratorium Biokimia, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Syiah Kuala. Kopelma Darussalam, Kota Banda Aceh, Aceh, Indonesia
Azhari Azhari
Laboratorium Kesmavet, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Syiah Kuala. Kopelma Darussalam, Kota Banda Aceh, Aceh, Indonesia
Faisal Jamin
Laboratorium Biokimia, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Syiah Kuala. Kopelma Darussalam, Kota Banda Aceh, Aceh, Indonesia
Referensi
Adebayo-Tayo, B. C., Onilude, A. A., & Etuk, F. I. (2011). Studies on microbiological, proximate mineral and heavy metal composition of freshwater snails from Niger Delta Creek in Nigeria. AU Journal of Technology, 14 (4). 290-298.
Admi, M., Maulida, R., Helmi, T. Z., Winaruddin, W., & Akmal, Y. (2024). Isolation and identification of Pseudomonas sp. on dumbo catfish (Clarias gariepinus) in semi-intensive manner. Arwana: Jurnal Ilmiah Program Studi Perairan, 6 (2), 215-221. doi:10.51179/jipsbp.v6i2.2956.
Admi, M., Darmawi, D., Ferasyi, T. R., & Dasrul, D. (2022). Phylogenetic Tree 16S rRNA Gene of Acinetobacter soli Isolated from the Prepuce of Aceh Cattle. Open Access Macedonian Journal of Medical Sciences, 10(A), 1487-1491. doi: 10.3889/oamjms.2022.10312
Agustina, R., Ali, S., & Yulianda, F. (2017, January). Akumulasi logam berat pada Siput (Faunus ater) dan struktur populasinya di daerah aliran sungai krueng Reuleng, kecamatan Leupung, kabupaten Aceh Besar. In Prosiding Seminar Nasional Pascasarjana Unsyiah.
Aini, F. (2018). Isolasi dan identifikasi Shigella sp. penyebab diare pada balita. BIO-SITE| Biologi Dan Sains Terapan, 4(1), 07-12. doi: 10.22437/bs.v4i1.5012
Anyiam, I. V., & Ikpesu, T. O. (2018). Microbiological quality and biochemical composition of water snail (Pachymelania byronensis) of lower Niger River basin. Emergent Life Sciences Research, 4, 1-10. doi: 10.31783/elsr.2018.420110
Ardat, D. A. A., Apada, A. M. S., Alwi, M. D., Ismail, I., & Kholilullah, Z. A. (2023). Isolation and Identification of Shigella sp. in Cattle Feces in Tamangapa Final Disposal Place, Makassar City. Jurnal Riset Veteriner Indonesia (Journal of The Indonesian Veterinary Research). doi: 10.20956/jrvi.v7i2.26772
Aris, M., Sukenda, H. E., Fatuhcri, M. S., & Munti, Y. (2013). Identifikasi molekular bakteri patogen dan desain primer PCR. Jurnal Budidaya Perairan, 1(3). 43-50. doi: 10.35800/bdp.1.3.2013.2733.
Baderan, D. W., Hamidun, M. S., & Utina, R. (2021). Keanekaragaman Mollusca (Bivalvia Dan Polyplacophora) Di Wilayah Pesisir Biluhu Provinsi Gorontalo. Bioeksperimen: Jurnal Penelitian Biologi, 7(1), 1-11. doi: 10.23917/bioeksperimen.v7i1.13798
Biswas, S. K. (2019). Isolation and Characterisation of Lytic Bacteriophages Infecting Shigella Spp (Doctoral dissertation, University of Malaya (Malaysia).
Ehigiator, F. A. R., Akise, O. G., Eyong, M. M., & Jonah, A. A. (2015). Microbial load of freshwater snail (pila ovata) from Nembe Creek, Niger delta, Nigeria. Biological and Environmental Sciences Journal for the Tropics, 12(2), 802-809.
Firmansyah, R., Hidayat, Y., & Afza, A. (2023). Karakterisasi Bakteri Pencemar Daging Langkitang (Faunus ater). Jurnal Pendidikan Tambusai, 7(3), 21185-21189. doi: 10.31004/jptam.v7i3.9864
Helmi, T. Z, Winaruddin dan Rusli. (2020). Identifikasi dan karakterisasi siput air tawar berdasarkan analisis dna mitochondria (mtDNA): kaitannya sebagai vector penyakit parasitik pada hewan dan manusia. Laporan Hasil Penelitian Hibah Lektor, Sumber Dana PNBP Tahun 2020. Universitas Syiah Kuala.
Hidayat, Y., Amri, E., & Siska, I. (2020). Deteksi cemaran bakteriologis dan logam berat daging Langkitang (Faunus ater) detection of bacteriological contamination and heavy metal in Langkitang (Faunus ater) meat. Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi, 6 (1). 14-20 doi: 10.22202/bc.2020.v6i2.4198
Hidayatillah, Y. (2017). Dampak Sosial Industrilisasi Tambak Udang Terhadap Lingkungan Di Desa Andulang Kabupaten Sumenep. Jurnal Teori dan Praksis Pembelajaran IPS, 2(2), 21-26. doi: 10.17977/um022v2i22017p073
Muharni, H. Y., & Anggraini, M. (2015). Isolasi Dan Identifikasi Bakteri Termo-Lipolitik Dengan Pendekatan Biologi Molekuler Berbasis Gen 16S rRNA. Semirata 2015, 4(1).
Opara, C., & Okpe, C. (2019). Aerobic bacteria flora associated with freshwater apple snail (Pila ampullaceal) in Kolo creek, Ogbia, Bayelsa State. Nigerian Journal of Agriculture, Food and Environment 15(3) 94-100. Oktafia, R. E., & Badruzsaufari, B. (2021). Analisis filogenetik Garcinia spp. berdasarkan sekuens gen rRNA. Ziraa'ah Majalah Ilmiah Pertanian, 46(2), 259-264. doi: 10.31602/zmip.v46i2.4526
Pewo, L. F., & Kailola, I. N. (2018). Identifikasi Bakteri Koliform Pada Air Sumur Pemukiman di Wilayah Arso IX Distrik Skonto. Jurnal Kehutanan Papuasia, 4(2), 131-138. doi: 10.46703/jurnalpapuasia.Vol4.Iss2.173
Pratama, M. T., Bachtiar, E., Prasetiawan, N. R., & Arief, M. C. W. (2023). Keanekaragaman Gastropoda Pada Berbagai Kondisi Kawasan Ekowisata Mangrove. JST (Jurnal Sains dan Teknologi), 12(3), 790-803. https://doi.org/10.23887/jstundiksha.v12i3.54498
Qu, F., Bao, C., Chen, S., Cui, E., Guo, T., Wang, H., & Mao, Y. (2012). Genotypes and antimicrobial profiles of Shigella sonnei isolates from diarrheal patients circulating in Beijing between 2002 and 2007. Diagnostic microbiology and infectious disease, 74(2), 166-170. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2012.06.026
Reller, L. B., Weinstein, M. P., & Petti, C. A. (2007). Detection and identification of microorganisms by gene amplification and sequencing. Clinical infectious diseases, 44(8), 1108-1114. doi: 10.1086/512818
Rinanda, T. (2011). Analisis sekuensing 16S rRNA di bidang mikrobiologi. Jurnal Kedokteran Syiah Kuala, 11(3), 172-177.
Saputra, I. P. B. A., Arjita, I. P. D., Syuhada, I., & Adnyana, I. G. A. (2024). Hubungan pengelolaan sampah dengan kejadian diare di Desa Pandanan. Jurnal Ganec Swara 18(1). 77-84.
Santosa, A. I., Hilmany, T., Dewi, N. A., Rahmawati, N. E., Putri, E. A., Hafidsya, T., & Widyawan, A. (2024). Cross amplification of 16S rRNA bacterial primer 27F/1492R on horticultural crop chloroplast genome. Agricultural Science, 7(2), 172-183. doi: 10.55173/agriscience.v7i2.132
Sarastiti, S., Suminto, S., & Sarjito, S. (2019). Identifikasi Molekuler Spesies Bakteri Kandidat Probiotik Yang Diisolasi Dari Usus Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) Koleksi Dari Kabupaten Subang, Jawa Barat. Jurnal Pasir Laut, 4(1), 9-15. doi: 10.14710/jpl.2020.30519
Stackebrandt, E., & Goebel, B. M. (1994). Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 44(4), 846-849. doi: 10.1099/00207713-44-4-846
Takdim, R. R., & Annawaty, A. (2019). Keanekaragaman Dan Kelimpahan Keong Air Tawar (Mollusca: Gastropoda) Di Sungai Pomua Palandu Dan Sungai Toinasa, Poso, Sulawesi, Indonesia. Natural Science: Journal of Science and Technology, 8(2), 144-152.
Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., & Kumar, S. (2007). MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular biology and evolution, 24(8), 1596-1599. doi: 10.1093/molbev/msm092
Utami, A. P., Pane, N. N. A., & Hasibuan, A. (2023). Analisis dampak limbah/sampah rumah tangga terhadap pencemaran lingkungan hidup. Cross-border, 6(2), 1107-1112.
Zaidi, M. B., & Estrada-García, T. (2014). Shigella: a highly virulent and elusive pathogen. Current tropical medicine reports, 1, 81-87. https://doi.org/10.1007/s40475-014-0019-6
Unduhan
Diterbitkan
Cara Mengutip
Terbitan
Bagian
Lisensi
Hak Cipta (c) 2025 Arwana: Jurnal Ilmiah Program Studi Perairan
Artikel ini berlisensiCreative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
